1998年5月北大百周年校庆时奠基，2001年9月落成，2002年5月4日正式开放。

前身为北京大学文书档案室，建于1958年11月，1993年4月更名为北京大学档案馆

1986年破土奠基，1993年5月27日正式开馆，是中国高等院校中第一所考古专题博物馆。

创立于1909年，是我国最早的地学专业博物馆。

我国第一个由中国学者主持建立的生物标本馆，其历史可追溯到清朝光绪31年（1905年）京师大学堂（北京大学的前身）建立的博物实习科。